果蔬产品由于农药污染、环境污染等因素，时会残留重金属、硝酸盐、亚硝酸盐等物质。由于长期大量使用农药，果蔬产品硝酸盐、亚硝酸盐及重金属的污染程度严重。同时原料的毒害物质也会影响到加工食品的安全。
食品加工过程中，由于加热等因素也会使食品产生有害物质，例如高温油炸食品会产生致癌物质丙烯酰胺。食品储藏过程中也会产生毒害物质，例如花生中的黄曲霉毒素。